Le microbiote humain – Les hommes et leurs microbes

Il y a plusieurs années, en cours d’immunologie, j’ai appris à considérer les bactéries comme des microbes potentiellement dangereux qui pouvaient générer des maladies et qui devaient être combattus par le système immunitaire. En 2010, j’ai participé à une conférence internationale en immunologie, où l’une des sessions parlait de l’immunité intestinale. J’en suis ressortie enthousiasmée par la recherche qui émergeait dans ce domaine et l’étude des interactions entre la flore commensale d’un individu et le système immunitaire.

Il est évident depuis longtemps que les bactéries ne sont pas seulement un groupe d’organismes nuisibles. Au contraire, beaucoup se sont adaptées pour vivre dans et sur les êtres humains, remplissant des fonctions bénéfiques pour leur hôte (par exemple, aidant à digérer des carbohydrates complexes) en échange d’un abri et de nourriture. Ces dernières années, les biologistes se sont de plus en plus intéressés au “microbiome”, l’ensemble des bactéries commensales et de leurs gènes, et comment il affecte la santé et les maladies humaines.

En 2011, un consortium européen a analysé les différentes espèces bactériennes présentes dans l’intestin de 22 européens et comparé ces microbiotes à une douzaine d’autres déjà caractérisés au Japon et aux Etats-Unis. Comme les bactéries qui vivent dans l’intestin ont évolué pour croître dans un environnement sans oxygène, il est difficile de les faire pousser sur des boîtes de culture pour les étudier. Les chercheurs peuvent cependant cataloguer les espèces bactériennes du microbiote en extrayant le matériel génétique de micro-organismes présents dans/sur le corps humain et en identifiant les espèces présentes à partir de différences dans un gène bactérien particulier.

Bien que la flore intestinale varie d’un individu à un autre, la plupart des espèces bactériennes identifiées dans l’étude du consortium européen rentrent dans trois grands groupes (appelés entérotypes) que les chercheurs ont nommés Bacteroides, Prevotella, and Ruminococcus, d’après l’espèce dominante dans chaque groupe. La présence de ces trois entérotypes a été confirmée dans deux autres cohortes plus larges (154 américains et 85 danois). Ces résultats suggèrent qu’il existe un nombre limité de communautés microbiennes dans l’intestin humain.

La recherche sur le microbiote (caractérisation des espèces qui le constituent, mais aussi étude de son rôle dans les maladies, le développement ou les fonctions immunitaires) était l’un des finalistes pour “l’avancée de l’année” 2011 du grand journal scientifique Science. L’année 2012 a aussi été riche en avancées dans l’étude du microbiote et de ses interactions avec son hôte. Voyons si ce thème de recherche sera à nouveau listé par Science cette année. J’attends la liste des avancées 2012 avec impatience de toute façon!

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2 réflexions sur “Le microbiote humain – Les hommes et leurs microbes

  1. Isa janvier 15, 2013 / 3:52

    hello !
    j’ai un peu hésité: sur lequel de ces trois premiers articles vais-je poster un commentaire? Je n’ai pas cédé au croustillant en m’orientant vers l’ocytocine 🙂
    cet article présent me rappelle un cher ancien prof qui nous disait que l’organisme humain contient plus de bactéries que de cellules humaines, cette remarque nous invitant à des considérations métaphysiques sur notre identité réelle. On pourrait d’ailleurs saisir cette occasion pour éclairer les remous actuels en France sur l’ouverture de l’AMP à des couples homos. Finalement, avoir pour parents deux amas de bactéries avec quelques cellules eucaryotes portant un chromosome Y de plus ou de moins ne fait pas une grande différence. Does it.

    • Aurelie janvier 20, 2013 / 3:59

      Merci pour ton commentaire!
      A propos d’amas de bactéries et de reproduction, je suis tombée par hasard sur un article qui parlait d’une étude publiée dans PNAS en 2010 et qui montrait que les bactéries commensales influençaient le choix du partenaire reproducteur chez les Drosophiles 🙂
      En gros, une population de Drosophiles était séparée en deux groupes, l’un nourri d’amidon, l’autre de mélasse. Après une génération d’élevage séparé, les mouches étaient mélangées à nouveau. Les chercheurs ont observé que les mouches « mélasse » se reproduisaient de préférence avec d’autres mouches « mélasse », et les « amidon » avec d’autres « amidon ». Par contre, après un traitement antibiotique, les mouches « mélasse » s’accouplaient à nouveau avec les mouches « amidon ». Donc les bactéries symbiotiques influenceraient le choix des partenaires pour la reproduction chez les Drosophiles (une histoire de changement de taux de phéromones sexuelles).
      Voilà de quoi alimenter des considérations métaphysique sur la notion d’identité, non?

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