Le microbiome placentaire

fetusUne étude publiée la semaine dernière dans Science Translational Medicine montre que de petites quantités d’ADN issu de divers phyla bactériens sont présentes dans le placenta même lors de grossesses normales et que ces phyla bactériens ressemblent plus à ceux présents dans la bouche qu’à ceux présents dans d’autres tissus comme l’intestin, la peau ou le vagin.

Cette étude a largement été reprise par la presse générale ; malheureusement, il semble que (peut-être de manière typique) les spéculations que font les auteurs de l’étude dans la section “Discussion” de leur article aient reçu plus d’attention que les résultats mêmes de l’étude, donnant lieu à des suggestions excessives sur l’importance d’une bonne hygiène orale pour les femmes ainsi que sur l’importance relative du microbiome placentaire et du mode d’accouchement (par césarienne ou par voie basse) sur la constitution du microbiote du nouveau-né.

  • Le microbiome placentaire – ce que l’étude montre

Tout d’abord, cette étude n’est pas la première à révéler la présence de bactéries dans le placenta. Ce que les chercheurs ont fait ici est explorer plus en détail la diversité génétique bactérienne présente dans le placenta humain.

L’équipe de recherche a collecté des échantillons de tissu placentaire de 320 grossesses (échantillon collecté lors de l’accouchement), isolé l’ADN contenu dans ces bouts de tissu et analysé les échantillons pour la présence d’ADN bactérien. 48 échantillons ont été analysés plus particulièrement à l’aide d’une technique appelée whole-genome shotgun sequencing. Les chercheurs ont ensuite comparé l’abondance relative d’ADN correspondant à différents phyla bactériens dans leurs échantillons de tissu placentaire à ce qui a été décrit pour d’autres tissus humains abritant des bactéries.

La quantité d’ADN bactérien isolé à partir des échantillons de placenta s’est avérée assez faible mais attestait néanmoins de la présence d’un groupe varié de bactéries dans le placenta. Chez la plupart des individus, Escherichia coli était l’espèce bactérienne la plus prévalente mais les échantillons placentaires contenaient aussi de l’ADN correspondant à d’autres phyla bactériens. Une comparaison de ces différents phyla présents dans le placenta et de leur relative abondance par rapport à ceux présents dans d’autres tissus humains a montré que le profil taxonomique du microbiome placentaire ressemblait plus à celui du microbiome buccal qu’à ceux des microbiomes de l’intestin, de la peau ou du vagin.

Les chercheurs ont également comparé la diversité bactérienne du microbiome placentaire (toujours au niveau phylum) entre des échantillons issus de grossesses menées à terme et des échantillons correspondant à des accouchements avant terme (moins de 37 semaines de grossesse), ainsi qu’entre des échantillons issus de grossesses pour lesquelles il y avait un antécédent clinique d’infection chez la mère et des échantillons correspondant à des grossesses sans signe clinique d’infection. Ils ont alors observé que le profil taxonomique de l’ADN bactérien présent dans le placenta variait en fonction du nombre de semaines de grossesse atteintes lors de l’accouchement et que l’abondance relative de certains types de bactéries différait entre les femmes qui avaient été traitées pour une infection bactérienne au cours de leur premier ou second trimestre de grossesse et les femmes qui n’avaient aucun antécédent clinique d’infection.

  • Le microbiome placentaire – questions et spéculations

Comme pour tout résultat scientifique, les données présentées dans l’article de Science Translational Medicine ont certaines limitations, mais elles sont aussi source de nouvelles informations à partir desquelles questions et hypothèses peuvent être générées, menant à d’autres études et à un avancement de la connaissance. Jusqu’ici rien d’anormal. Cette étude a ensuite reçu une assez large couverture de presse (la faute au microbiome sexy ?) et plusieurs articles sont allés un peu loin dans ce qu’ils avançaient. Voici quelques questions/problèmes que j’ai retenus.

Existe-t-il vraiment une communauté de bactéries dans le placenta ?

Les chercheurs ont évalué la diversité bactérienne présente dans les échantillons placentaires à partir du séquençage de l’ADN tiré de ces bouts de tissus, d’où l’emploi du terme “microbiome” pour parler de l’ensemble des génomes microbiens présents plutôt que du terme “microbiote” qui lui fait référence aux microorganismes eux-mêmes. Cependant, démontrer la présence d’ADN bactérien n’est pas exactement équivalent à montrer qu’il existe une communauté microbienne vivante dans le placenta. De plus, la quantité d’ADN bactérien trouvée dans le tissu placentaire est relativement faible ; est-il donc possible que cet ADN bactérien soit issu du sang maternel circulant dans le placenta plutôt que d’une communauté microbienne établie localement et propre au placenta ? En tout cas, il semble un peu trop tôt pour parler d’un écosystème placentaire fourmillant de bactéries à partir des seules données présentées dans cette étude.

S’il existe un microbiote placentaire, d’où viennent les bactéries qui le constituent?

L’étude de Science Translational Medicine explore la diversité génétique bactérienne présente dans le tissu placentaire humain mais ne fournit pas directement de données permettant d’expliquer comment une communauté bactérienne vivante s’établirait dans le placenta. Étant donné la ressemblance du profil taxonomique du microbiome placentaire à celui du microbiome de la bouche, les auteurs de l’étude suggèrent que le microbiome placentaire est formé à partir du microbiote de la bouche via la circulation sanguine. Cependant, il est aussi possible que des bactéries soient déjà présentes dans l’utérus avant la grossesse et que celles-ci contribuent au microbiome placentaire.

Le focus sur l’hygiène bucco-dentaire

Au vu de la ressemblance entre microbiome placentaire et microbiome buccal, les chercheurs avancent l’hypothèse d’un lien possible entre maladie parodontale (bucco-dentaire), microbiome placentaire et accouchement prématuré. Même si cela semble être suffisant pour bon nombre d’articles rapportant cette étude pour mettre en valeur l’importance de l’hygiène bucco-dentaire pendant une grossesse, il n’y a en fait aucune donnée dans l’étude permettant d’établir un lien causal entre une maladie parodontale, la composition du microbiome placentaire, et un accouchement avant terme.

Tout d’abord, il faut noter qu’un seul de tous les échantillons placentaires analysés dans l’étude venait d’une femme ayant eu une maladie parodontale (la majorité des femmes avec un antécédent clinique d’infection avaient été traitées pour des infections urinaires ou pour une infection sexuellement transmissible – gonorrhée ou chlamydia). Ensuite, même en considérant ces autres types d’infections, il n’y a toujours aucune donnée dans l’étude permettant d’établir un lien causal entre infections et accouchements prématurés qui reposerait sur un changement de composition du microbiome placentaire.

Rendre la variation de la composition du microbiome placentaire responsable d’accouchements prématurés en cas d’infection chez la mère durant la grossesse est plutôt un grand saut à faire sur la seule base de cette étude (un saut probablement motivé par le fait que le microbiote/microbiome est particulièrement en vogue en ce moment) ; c’est en tout cas un saut qui ignore le fait que des infections peuvent affecter d’autres paramètres susceptibles d’influencer la grossesse, au-delà de la composition du microbiome placentaire (par exemple, une augmentation de la réponse inflammatoire chez la mère).

Le microbiote placentaire responsable d’accouchements prématurés ?

J’ai aussi vu des titres de presse qui suggéraient que les bactéries du placenta pourraient être la cause d’accouchements prématurés (sans même parler d’infection bactérienne chez la mère cette fois-ci). Encore une fois, c’est plutôt faire un grand saut par rapport à ce que l’étude montre. Les chercheurs ont bien observé une différence dans l’abondance relative des différents phyla bactériens présents dans le placenta entre des échantillons issus d’accouchements à terme et des échantillons issus d’accouchements prématurés ; cependant, il n’y a aucune donnée permettant d’établir un lien causal entre la composition du microbiome placentaire et le risque d’accouchement prématuré (comme toujours, une corrélation n’est pas une preuve de causalité). Il faut aussi noter que, comme le mentionnent d’ailleurs les auteurs eux-mêmes (limitations de l’étude), la composition du microbiome placentaire plus tôt dans la grossesse pour les femmes qui ont accouché à terme n’est pas connue (cela aurait nécessité une procédure invasive pour collecter un bout de placenta pendant la grossesse). Il n’est donc pas possible d’exclure la possibilité que la composition du microbiome placentaire change simplement au cours du temps, même pendant une grossesse normale, sans que cela affecte la durée de la grossesse.

Le microbiome placentaire et le microbiote du nouveau-né

Cette étude n’ayant pas cherché à analyser la composition du microbiote des nouveau-nés, elle ne permet pas de dire quoi que ce soit (à part des spéculations) sur une possible transmission microbienne mère-enfant via le placenta. L’idée d’une telle transmission n’est pas nouvelle (voir un ancien billet sur le sujet ici), mais elle est difficile à explorer chez les humains.

Les techniques employées dans l’étude discutée ici pour analyser le microbiome placentaire reposent sur un séquençage de l’ADN ; rien ne peut donc être affirmé concernant l’existence d’une communauté vivante de bactéries dans le placenta pouvant être transmise au fétus. Il est possible qu’un transfert de bactéries de la mère au fétus pendant la grossesse existe effectivement, et une étude réalisée sur des souris supporte cette hypothèse ; toutefois, si des journalistes souhaitent suggérer l’existence d’un transfert microbien mère-enfant intra-utérin, ils devraient le faire en citant les données scientifiques appropriées, et non sur la base d’une étude qui présente des données sur la diversité génétique microbienne du placenta mais qui n’a aucunement exploré un transfert de microbes vivants de la mère au fétus.

Ceci étant, même si l’on trouvait que des bactéries passent effectivement de la mère au fétus via le placenta, cela ne changerait en rien le fait que la composition du microbiote intestinal du nouveau-né est affectée par le type d’accouchement (par césarienne ou par voie basse). Les études effectuées sur le sujet ont pour l’instant généré des résultats dans ce sens ; en parallèle, d’autres études ont montré que les enfants mis au monde par césarienne avaient un plus grand risque de développer des troubles relatifs au système immunitaire plus tard au cours de la vie que les enfants mis au monde par voie basse. Suggérer qu’un transfert (potentiel) de microbiote de la mère au fétus pendant la grossesse pourrait “rassurer” les femmes choisissant un accouchement par césarienne sur le fait que cela n’aura aucun effet sur le microbiote de leur nouveau-né n’a pas de sens : seul le fait de trouver que le mode d’accouchement n’influe effectivement pas sur la composition du microbiote du bébé pourrait apporter une telle assurance (et cela est indépendant de l’existence ou non d’une transmission bactérienne ayant lieu avant l’accouchement), et jusqu’à maintenant, les études sur le sujet ont montré le contraire.

  • Article scientifique versus couverture de presse de nouvelles scientifiques

Je me suis initialement intéressée à cette étude pour son exploration du microbiome placentaire. J’ai ensuite remarqué la floraison d’articles dans la presse générale qui, surfant sur la vague du “microbiome”, proposaient des titres suggérant bien plus que ce que l’article scientifique d’origine rapportait. Même si les auteurs de l’étude ont été plus prudents dans ce qu’ils ont écrit pour leur article de Science Translational Medicine (article qui a dû passer par un comité de revue composé de scientifiques avant publication), il semble qu’ils soient allés plus loin dans leurs spéculations lors d’entretiens avec des journalistes. Certaines des limitations de l’étude qui étaient discutées de manière appropriée dans l’article scientifique d’origine étaient aussi absentes des articles destinés au grand public et l’accent était mis sur les spéculations faites par les auteurs à la fin de leur article scientifique, présentant souvent celles-ci d’une manière qui pouvait les faire paraître plus que ce qu’elles étaient, c’est-à-dire des spéculations n’ayant pour l’instant aucune donnée pour les soutenir.

Ceci étant, les lecteurs s’intéresseraient-ils à un article traitant de science qui n’aurait rien de sensationnel à révéler?

 

À lire aussi, à propos de la couverture de cette étude par la presse anglophone: Overselling the microbiome award – many – for stories about placental vs. oral microbiomes (Jonathan Eisen’s blog).

 

Référence
The placenta harbors a unique microbiome. Aagaard K, Ma J, Antony KM, Ganu R, Petrosino J, Versalovic J. Sci Transl Med. 2014 May 21;6(237):237ra65. doi: 10.1126/scitranslmed.3008599
PMID: 24848255

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2 réflexions sur “Le microbiome placentaire

  1. Xochipilli juin 1, 2014 / 8:45

    Merci pour ton billet très clair sur le sujet. L’engouement médiatique autour de cette découverte vient sans doute du fait qu’elle conforte la possible transmission non-génétique des caractères acquis. Comme tu l’expliques cette idée n’est pas vraiment nouvelle, mais elle est très en vogue depuis les découvertes sur l’épigénétique, surtout dans notre pays qui a toujours un faible pour les théories néo-lamarckistes…

    • Aurelie juin 1, 2014 / 8:03

      Merci pour ton commentaire. En ce qui concerne cette étude en particulier, ce qui m’a le plus dérangée ce n’est pas tant l’intérêt qu’elle a généré (ceci dit, même si le microbiote est à la mode, cette étude semble avoir bénéficié d’une meilleure com’ que beaucoup d’autres), mais surtout le décalage entre ce qu’elle montrait et le message qui a été transmis au grand public.

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